Sie haben recht. Wenn es um die Messung von Frequenzen geht (was den Kern des Hörens ausmacht), gibt es das Unsicherheitsprinzip: Je kürzer Sie Ihr Signal messen (oder je kürzer das Signal ist), desto ungenauer kann es gemessen werden. Dies ist ein Grundprinzip und es hängt nicht davon ab, ob man eine schnelle Fourier-Transformation oder ein mechanisches Gerät (Ohren) zum Messen verwendet.
Es wird angegeben, dass die Unsicherheit der Frequenz mal die Unsicherheit der Zeit ist ist ungefähr 1. Das bedeutet, dass eine Sinuswelle mit 100 Hz auf eine Genauigkeit von 1% geschätzt werden kann, wenn man sie 1 Sekunde lang hört. Eine Sinuswelle mit 1000 Hz kann in einer Zehntelsekunde auf eine Genauigkeit von 1% geschätzt werden.
Es ist eine wirklich großartige Ressource verfügbar online, leider in deutscher Sprache. In der Einleitung "Das Ungewissheitsprinzip" wird es locker übersetzt: "Noten werden geschrieben ... als ob Tonhöhe und Dauer völlig unabhängig voneinander erzeugt werden könnten. Erfahrene Komponisten wissen jedoch seit langem, dass die tiefen Töne einer Orgel oder atuba muss eine gewisse Zeit bestehen bleiben, um als gut klingend wahrgenommen zu werden. Sequenzen mit so tiefen Noten können daher nur mit begrenzter Geschwindigkeit gespielt werden. " (aus: Karrenberg U. (2017) Das Unschärfe-Prinzip. In: Signale - Prozesse - Systeme. Springer Vieweg, Berlin, Heidelberg).
Auch die deutsche Wikipedia auf dem Platz weist darauf hin, dass aus dem Ungewissheitsprinzip "folgt, dass in der Musikpraxis die Intonationsgenauigkeit für langsame Passagen (lange Noten) viel wichtiger (weil hörbar) ist als für schnelle Passagen (kurze Noten). Streicher behaupten oft - zur Überraschung der Laie - dass es keineswegs einfacher ist, langsame Stücke zu spielen. "
Die Aussage von Todd Wilcox zu den Obertönen ist hier relevant: Aufgrund des Vorhandenseins von Obertönen können wir die Tonhöhe schneller schätzen, als wenn man zuhören würde zu reinen Sinuswellen, aber man braucht noch mehr Zeit, um die Tonhöhe einer tiefen Note abzuschätzen.
Zu Topo Mortos Aussage über die Zilien im Ohr, die Schallwellen direkt erfassen, ohne eine Fourier-Analyse durchzuführen: Es dauert einige Zeit, bis sich die Zilien auf Resonanz einstellen. Wenn sie längere Zeit einer reinen Schallwelle ausgesetzt sind, vibrieren nur die Zilien mit der richtigen Resonanzfrequenz. Zu Beginn der Schallwelle beginnen mehrere Zilien "um" die richtige Frequenz zu vibrieren, was es unmöglich macht, die genaue Tonhöhe einer kurzen Note zu erhalten.